Dès sa création, l'IDEP a entretenu une relation intégrale avec le système des Nations Unies en général et avec la CEA en particulier. Cela n'a rien d'étonnant car, en partie, il est né des efforts de l'ONU pour répondre à un besoin exprimé par ses États membres africains - de la même manière qu'il a répondu aux besoins de ses États membres d'Amérique latine et des Caraïbes en permettant la création d'une facilité institutionnelle similaire pour eux par la même résolution de l'Assemblée générale qui a créé l'IDEP. Une partie importante du budget ordinaire de l'IDEP était - et est toujours - fournie sous la forme d'une subvention annuelle de New York versée par l'intermédiaire de l'UNECA.

L'Institut est établi dans la stratégie de l'UNECA en tant que sous-programme de la Commission et jouit d'une position et d'un rôle fonctionnels dans la structure et l'approche organisationnelles globales de l'UNECA. Les statuts de l'Institut prévoient que le Secrétaire exécutif de la CEA/le Secrétaire général adjoint des Nations Unies préside son Conseil d'administration.

La CEA elle-même a, au fil des ans, offert un soutien supplémentaire en termes de budget et de ressources humaines à l'Institut, qui fonctionne comme un organe subsidiaire en dehors de son siège à Addis-Abeba. Des activités de programme spécifiques, telles que le programme de maîtrise, ont bénéficié du patronage et du financement du PNUD pendant de nombreuses années. Des agences telles que le FNUAP ont également hébergé certaines de leurs initiatives de recherche et de formation au sein de l'Institut pendant un certain nombre d'années. Actuellement, l'Institut collabore avec le PNUD, ONU Femmes et l'UNICEF.

Les finances de l'Institut sont gérées en étroite concertation et sous les règles et la supervision générale des fonctionnaires compétents des Nations Unies à New York et Addis-Abeba, y compris le fonctionnement de son compte bancaire principal sur lequel est versé son budget ordinaire. Les membres du personnel concernés sont liés par les directives éthiques de l'ONU.